درمان اصلی و قطعی مننژیت با منشاء میکروبی، آنتی‌بیوتیک است و در صورت شک به مننژیت، پس از انجام آزمایش‌های لازم و حتی پیش از آماده شدن جواب آزمایش‌ها باید درمان با آنتی‌بیوتیک شروع شود.
دکتر شیروانی با اشاره به این مطلب می‌افزاید: اگر جواب آزمایش‌ها مشخص کند کودک مبتلا به مننژیت ویروسی شده، آنتی‌بیوتیک‌ها قطع می‌شود و هیچ درمان دیگری بجز مسکن لازم نیست. عفونت‌های ویروسی معمولا پس از پنج تا ۱۴ روز بسته به نوع ویروس خود به خود برطرف می‌شود، ولی اگر تشخیص مننژیت میکروبی تائید شود، مصرف آنتی‌بیوتیک باید ادامه پیدا کند.